Η φυσική βλάστηση της περιοχής είναι το αποτέλεσμα της συνεπίδρασης διαφόρων παραμέτρων και κυρίως της χλωρίδας, των βιοκλιματικών συνθηκών, της ορογραφικής διαμόρφωσης, της πετρολογικής-γεωλογικής σύστασης, του εδάφους και των ανθρώπινων δραστηριοτήτων που ασκήθηκαν και συνεχίζουν να ασκούνται κατά την ιστορική εξέλιξη της περιοχής από το παρελθόν μέχρι σήμερα. Τα φυσικά οικοσυστήματα της περιοχής περιλαμβάνουν κατά βάση δασικά (δάση χαλεπίου πεύκης, μαύρης πεύκης, πλατύφυλλης και χνοώδους δρυός, κεφαλληνιακής ελάτης), οικοσυστήματα χαμηλών και υψηλών θαμνώνων (αείφυλλοι σκληρόφυλλοι σχηματισμοί, φρύγανα), οικοσυστήματα χασμοφυτικής βλάστησης και παραποτάμια οικοσυστήματα.
Στις 4 περιοχές Natura 2000 που περιλαμβάνονται εντός της περιοχής του Εθνικού Πάρκου Χελμού- Βουραϊκού έχουν καταγραφεί 17 τύποι οικοτόπων που περιλαμβάνονται στο Παράρτημα Ι της Οδηγίας 92/43/ΕΟΚ.
